El sistema de información del programa Buen Comienzo es un sistema que opera desde mayo de 2011 y sirve como herramienta para el registro y matrícula de la población de primera infancia, madres gestantes, lactantes, niños y niñas desde el nacimiento hasta los 5 años de edad, beneficiarios del programa. Este opera en línea se accede por medio de un navegador de Internet digitando la dirección de la Alcaldía de Medellín.
El sistema de información de Buen Comienzo se encuentra alojado en los servidores de la Alcaldía de Medellín, desde allí se brinda todo el soporte e infraestructura tecnológica, por medio de la Subsecretaría de Tecnologías de la Información, los cuales llevan estrictos estándares para la gestión tecnológica que garantizan la seguridad de la información.
Los procesos que contiene el Sistema son ejecutados por la Secretaría de Educación y corresponden al registro o caracterización de los niños, niñas y madres gestantes y lactantes, y la matrícula y seguimiento de los beneficiarios previamente registrados.